課程(名稱.編號)簡索

領導藝術.綜合管理        人力資源.企業培訓        職務能力培訓系統班        銷售實戰.市場行銷        職場技能.個人成長        Office白領辦公達人        財經金融.投資理財        語言學習.出國留學        中國大陸證照培訓        資格考試.考証培訓        文化.生活.興趣.保健        生產管理.採購物流        移動開發        前端開發        後端開發        數據庫.服務器        網頁平面設計        雲計算.大數據        網絡營銷推廣        自然學科        工程技術學科

經濟管理學科

醫.藥.農.林學科

法律 學科

計算機工程學科

哲學.歷史學科

文學.藝術學科

教育社會學科

外語 學科

醫藥農林        哲學歷史        文學藝術        工程技術        基礎科學        經管法學

     「大數據」是時下最火熱的詞彙，是各行業人士爭相追捧的利潤焦點。自1977年2月，Sanger與他的同事發表了第一個生物體的完整基因組序列以來，生物學大數據時代也宣告來臨。生物學大數據技術的戰略意義不在於掌握龐大的數據信息，而在於對這些大數據所蘊含生物學知識的提取。

課程概述

     由省級優秀教師、中科院專家及上市企業技術專家擔綱主講，系統介紹當前生命科學研究及資本追逐的熱詞—生物大數據，講授其所蘊含的價值與挖掘利用技術。課程特色之一是內容新穎。本課程是應生物基因組測序技術的發展而創建，面向新一代測序技術所獲得的生物大數據，國內外尚無同類課程上線，而一些大型公司更是將其作為高端收費類培訓課程。課程特色之二是主講教師結構合理。由高校教師、中科院研究人員和企業技術人員組成，強強聯合、優勢互補，使課程內容既具理論高度，又具實用價值。課程特色之三是兼具通識與專業。本課程涵蓋通識類知識點和專業類知識點，通識類知識有助於大眾學生瞭解生物大數據的特點、價值與應用，專業類知識幫助學生掌握生物大數據的分析技能。



課程大綱


第一章 緒論

第一節 大數據的特徵與價值
第二節 生物大數據基本概念
BBC紀錄片 人類面對大數據

第01講 1.1.1 大數據的概念 → 00:14:57
第02講 1.1.2 大數據的特徵 → 00:16:06
第03講 1.1.3 大數據的應用 → 00:07:11
第04講 1.1.4 人類面臨的挑戰 → 00:08:37
第05講 1.2.1 生物學大數據基本概念(1) → 00:14:23
第06講 1.2.2 生物學大數據基本概念(2) → 00:05:59
第07講 1.2.3 生物學大數據基本概念(3) → 00:07:29
第08講 1.2.4 生物學大數據基本概念(4) → 00:13:58
第09講 1.3.1 BBC紀錄片人類面對大數據 - 人類面對大數據 → 00:58:33


第二章 核酸數據庫

第一節 DNA序列數據庫
第二節 NCBI數據庫檢索策略

第10講 2.1.1 DNA序列數據庫 → 00:20:07
第11講 2.1.2 GenBank概覽 → 00:22:32
第12講 2.2.1 NCBI檢索策略 → 00:16:18
第13講 2.2.2 NCBI高級檢索 → 00:16:39


第三章 蛋白質數據庫

第一節 蛋白質數據庫概覽
第二節 蛋白質序列數據庫
第三節 蛋白質模式和域的數據庫
第四節 蛋白質結構數據庫
第五節 蛋白質分類數據庫

第14講 3.1 蛋白質數據庫概覽 → 00:11:40
第15講 3.2 蛋白質序列數據庫 → 00:11:44
第16講 3.3 蛋白質模式和域的數據庫 → 00:12:43
第17講 3.4 蛋白質結構數據庫 → 00:12:24
第18講 3.5 蛋白質分類數據庫 → 00:15:00


第四章 基因組測序技術

第一節 基因組測序技術
第二節 基因組測序方式與質量控制
第三節 基因組測序的組裝技術
第四節 轉錄組測序與分析
第五節 宏基因組測序與分析
第六節 基因組測序技術的應用：來自華大的案例

第19講 4.1.1 一代測序技術的原理 → 00:15:04
第20講 4.1.2 一代測序技術的優缺點 → 00:03:49
第21講 4.1.3 二代測序技術的原理 → 00:15:31
第22講 4.1.4 二代測序技術的優缺點 → 00:04:19
第23講 4.1.5 三代測序技術的原理 → 00:09:45
第24講 4.1.6 三代測序技術的優缺點及三代技術的比較 → 00:10:17
第25講 4.2.1 3種測序方式簡介 → 00:16:56
第26講 4.2.2 MatePair建庫方式及比較 → 00:13:03
第27講 4.2.3 單端和雙端測序 → 00:18:16
第28講 4.2.4 測序結果的存儲格式 → 00:17:52
第29講 4.2.5 基因組測序數據的質量控制 → 00:15:40
第30講 4.3.1 從頭組裝及常用工具 → 00:13:55
第31講 4.3.2 從頭組裝常用工具比較 → 00:22:00
第32講 4.3.3 不同建庫方式在從頭測序中的意義 → 00:15:12
第33講 4.3.4 從頭測序組裝流程及評估 → 00:13:33
第34講 4.3.5 從頭測序組裝效果評價 → 00:10:31
第35講 4.4.1 轉錄組與大數據簡介 → 00:16:58
第36講 4.4.2 C值悖論 → 00:10:41
第37講 4.4.3 RNA的種類與簡介 → 00:18:40
第38講 4.4.4 RNA-Seq原理與應用 → 00:23:44
第39講 4.4.5 RNA-Seq應用案例介紹 → 00:12:21
第40講 4.5.1 宏基因組簡介 → 00:12:30
第41講 4.5.2 Ted上關於腸道微生物重要性的介紹 → 00:17:04
第42講 4.5.3 菌群多樣性分析流程 → 00:13:44
第43講 4.5.4 宏基因組研究的意義 → 00:12:08
第44講 4.5.5 宏基因組報告解讀 → 00:07:04
第45講 4.5.6 宏基因組測序實例 → 00:14:00
第46講 4.5.7 宏基因組重測序 → 00:05:01
第47講 4.6.1 案例- 華大基因之動植物研究 → 00:21:07
第48講 4.6.2 案例- 華大小米研究案例 → 00:19:28
第49講 4.6.3 案例- 測序技術在食品檢測中的應用 → 00:12:03
第50講 4.6.4 案例- 測序技術在警犬篩選中的應用 → 00:24:15
第51講 4.6.5 案例- 基因組從頭測序及應用 → 00:12:24
第52講 4.6.6 案例- 全基因組測序技術及應用 → 00:14:34
第53講 4.6.7 案例- 測序技術在基因分型中的應用 → 00:10:25


第五章 上機實操

第一節 RNA-Seq數據分析
第二節 基因組重測序數據分析

第54講 5.1.1 RNA-Seq數據分析 - RNA-Seq數據分析簡介及準備工作 → 00:05:49
第55講 5.1.2 RNA-Seq數據分析 - 比對、拼接及組裝 → 00:24:54
第56講 5.1.3 RNA-Seq數據分析 - 表達差異分析及結果解讀 → 00:15:10
第57講 5.2.1 基因組重測序數據分析 - 軟件與數據準備 → 00:15:27
第58講 5.2.2 基因組重測序數據分析 - FastQC的使用 → 00:16:16
第59講 5.2.3 基因組重測序數據分析 - Trimmomatic的使用 → 00:18:10
第60講 5.2.4 基因組重測序數據分析 - Bwa的使用 → 00:12:06
第61講 5.2.5 基因組重測序數據分析 - 一致性序列的獲得 → 00:14:22
第62講 5.2.6 基因組重測序數據分析 - 變異的檢測 → 00:14:19